一、概念不同
（1）派出机关是由有权地方人民政府在一定行政区域内设立，代表设立机关管理该行政区域内各项行政事务的行政机构。
（2）派出机构是由有权地方人民政府的职能部门在一定行政区域内设立，代表该设立机构管理该行政区域内某一方面行政事务的行政机构。

二、设立机关不同
（1）派出机关由县级以上地方人民政府设立。
（2）派出机构由省、自治区、直辖市和各级市人民政府的职能部门设立。

三、行使职权不同
（1）派出机关行使一般行政职权。
（2）派出机构只行使某方面的行政职权。

四、种类不同
（1）派出机关主要有：行政公署、区公所、街道办事处。
（2）派出机构主要有：派出所、工商所、财政所、税务所、审计署派驻各地的办事处等。

五、法律地位不同
（1）派出机关是独立的行政主体，能够独立承担责任，能以自己的名义行使职权。
（2）派出机构不是独立的行政主体，不能以自己的名义行使权力，除非它有法律法规的明确授权（如税务所由于取得了《税收征管法》的授权，因此是行政主体）。

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